Muhammed Bâkibillah hazretleri Silsile-i aliyyenin yirmi ikincisidir. İmam-ı Rabbani hazretlerinin hocasıdır. 1563 yılında Kâbil’de doğdu. Kâbil'den Semerkand'a gidip zamanın en büyük âlimlerinden olan Mevlanâ Sâdık-ı Hulvâni'den gerekli ilimleri öğrendi. Yüksek yaratılışı ve kabiliyeti ile kısa zamanda talebeler arasında en yüksek seviyeye ulaştı. Sonra tasavvufa yönelip bu yolun büyük âlimlerinden bâtıni ilimleri öğrenerek yüksek dereceye ulaştı. Hâcegi İmkenegi hazretlerinin sohbetleri Behaeddin Buhari ve halifelerinin ruhaniyetlerinin yardımı ile bu büyükler silsilesine dahil oldu.


Muhammed Bâkibillah hazretleri hocasının emriyle Hindistan'a gidip bir sene Lahor'da kaldı. Oradaki âlimler onun sohbetine gelip istifade ettiler. Sonra Delhi'ye gidip vefatına kadar orada kalarak insanlara doğru yolu anlattı. İki-üç sene gibi kısa bir müddette pekçok âlim ve veli yetiştirdi. Onun yetiştirdiği büyüklerin başında kendisinden sonra halifesi olan ikinci bin yılın müceddidi İslam âlimlerinin gözbebeği imam-ı Rabbani gelir. İmam-ı Rabbani hazretleri yetişip kemale gelince Muhammed Bâkibillah hazretleri bütün talebelerinin yetiştirilmesini ona bıraktı.

Emr-i maruf ve nehy-i münker yaparken şiddet ve sertlik göstermezdi. Bir kimse dine uygun olmayan bir iş yapsa veya söz söylese yumuşaklıkla kinaye ve ima ile sakındırır kalb kırmak istemezdi. Emr-i maruf yaparken kendini diğer insanlardan ayırmamak ve üstün görmemek için çok gayret sarf ederdi. Sohbetlerinde hiç bir müslüman kötülenmezdi. Eğer birinin kalbinden bir müslüman hakkında kötü bir düşünce geçse derhal hakkında kötü düşünülen kimseyi övücü sözler söyleyerek konuşmaya başlardı.

Hân-ı Hânân ismiyle meşhur padişah Abdürrahim Hân onu sevenlerden biri idi. Bâkibillah hazretlerinin hacca gideceğini duyunca yol parası olarak bol miktarda para gönderdi. "Bu hediyemi lutfederek kabul buyurun efendim" dedi. O ise “Müslümanların paralarını harcayarak hacca gitmemiz uygun olmaz" diyerek kabul etmedi ve hacca da gitmedi.

Yemek pişirenin abdestli olmasını yemek pişirirken dünya kelamı söylenmemesini tembih ederdi. "Salih olmayanın yemekleri feyzin gelmesine engel olur” buyururdu. Evliyadan bir zat gelip; "Hâlimde bir bağlanma kalbimde bir sıkıntı hissediyorum fakat kabahatimin ne olduğunu bilemiyorum" dedi. Hâce hazretleri "Yemeğinde ihtiyatsızlık vâki olmuş" buyurdu. "Her gün aynı yemekleri yiyorum" dedi. Hâce hazretleri "İyi düşün” dedi. İyice düşününce "Evet efendim şimdi hatırladım yemek pişerken helal olduğu şüpheli iki üç odun yakılmıştı" dedi.

Bir gün Hâce Hüsameddin'in haber vermesiyle görevliler içki içen ve başka kötülükler yapan bir genci yakalayıp hapse attılar. Hâce hazretleri bunu duyunca Hâce Hüsameddine sitem etti. O da: "Çok kötü bir gençtir" deyince üzüntülü bir şekilde derin bir âh çekip buyurdu ki: "Sen kendini iyi gördüğünden o sana kötü görünüyor. Fakat biz kendimizi ondan farklı görmüyoruz. Nasıl olur da onu kötüleriz?"
Sonra o genci hapisten çıkardılar. O genç komşusu hâce hazretlerinin yakın alakası karşısında son derece memnun olup günahlarına tevbe ederek salihlerden oldu